По примеру большинства отправляющихся в то время для усовершенствования за границу Боткин решил ехать в Германию. Кенигсберг был первым немецким городом на его пути. Здесь он надеялся поработать в терапевтической клинике профессора Гирша. Но руководитель клиники в момент его приезда отсутствовал, и Боткин не мог начать работу.