В начале кампании 1806 — 1807 гг. он командовал одним из корпусов первой армии, находившейся под начальством Каменского, вторым корпусом командовал Буксгевден. После тщетных попыток прикрыть Варшаву от французов, он был принужден отступить к Пултуску на Нареве и здесь, 26 декабря 1806 г., сумел отразить атаку Ланна и Бернадота, ибо значительно превосходил их численностью, так как главные силы Наполеона наступали на вторую русскую армию. Беннигсен отправлял Александру хвастливые донесения и, с помощью интриг против Каменского и Буксгевдена, вскоре добился назначения главнокомандующим армией, которой предстояло действовать против Наполеона. В конце января 1807 г. он предпринял наступательный маневр против войск Наполеона, стоявших на зимних квартирах, и чисто случайно избежал ловушки, устроенной ему последним, после чего между ним и противником произошло сражение при Эйлау. Эйлау пал 7 февраля, главное же сражение, которое Беннигсену пришлось принять, чтобы остановить ожесточенное преследование со стороны Наполеона, разыгралось 8 февраля. Стойкость русских войск, прибытие пруссаков под командованием Лестока и медлительность, с которой отдельные французские корпуса прибывали на поле боя, сделали победу сомнительной. Каждая из сторон претендовала на право считаться победительницей, но как бы то ни было, по словам самого Наполеона, битва при Эйлау была самым кровопролитным из всех его сражений. Беннигсен отслужил Te Deum и получил от царя русский орден, пенсию в 12000 рублей и поздравительное письмо, восхваляющее его как «победителя того, кто еще никогда не был побежден».
Весной он укрепился в Хейльсберге и упустил случай атаковать Наполеона, пока часть французской армии была занята осадой Данцига, но после падения Данцига и соединения всех сил французской армии он решил, что время для атаки наступило. Сначала его задержал авангард Наполеона, численность которого равнялась только трети его собственных войск, а вскоре маневр Наполеона вынудил его отступить назад к своему укрепленному лагерю. Здесь Наполеон 10 июня безрезультатно атаковал его силами всего двух корпусов и нескольких батальонов гвардии, но на следующий день принудил его оставить свой лагерь и отступить. Однако совершенно неожиданно, не дождавшись корпуса в 28 000 человек, который дошел уже до Тильзита, Беннигсен вновь перешел в наступление, занял Фридланд, где и расположил свою армию, имея в тылу реку Алле и фридландский мост в качестве единственного пути отхода. Вместо того, чтобы быстро продвинуться вперед, прежде чем Наполеон мог сосредоточить свои войска, он позволил Ланну и Мортье в продолжение пяти-шести часов отвлекать его внимание до тех пор, пока к пяти часам Наполеон не подготовил свои войска и не приказал им перейти в атаку. Русские были отброшены к реке, Фридланд взят, а мост разрушен самими же русскими, хотя все их правое крыло находилось еще на противоположном берегу. Так было проиграно сражение 14 июня при Фридланде, стоившее русской армии свыше 20000 человек. Говорили, что Беннигсен находился в то время под влиянием своей жены, польки. Во время всей этой кампании Беннигсен делал ошибку за ошибкой, причем все его поведение представляло удивительное сочетание безрассудной опрометчивости и беспомощной нерешительности.
Примечание:
Осада Данцига (Гданьска) была начата наполеоновскими войсками в марте 1807 г. в период войны Наполеона I с четвертой антифранцузской коалицией европейских государств. Гарнизон крепости, состоявший из прусских войск и союзного русского отряда, упорно сопротивлялся превосходящим силам противника. Крепость была сдана в конце мая 1807 года.