В июле 1944 года по личной просьбе назначен командиром 13-го гвардейского стрелкового корпуса в составе 1-го Прибалтийского и 3-го Белорусского фронтов, участвовавших в освобождении Прибалтики, в Восточно-Прусской операции, штурме Кенигсберга и ликвидации земландской группировки противника. На Параде Победы в Москве А. И. Лопатин командовал сводным полком 1-го Прибалтийского фронта.